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產品簡介

單細胞免疫組庫測序一次實驗可以同時檢測近萬個細胞,可在一個樣本中同時獲5'mRNA表達譜、TCRBCR的信息,結合基因的表達譜和VDJ數據進行復雜組織樣本的影響免疫應答分析,監測免疫療法的效果,研究疾病發生和發展的分子機制。


圖片來源:Wang Y, et al., Journal of Infection, 2023)

我們的優勢

1. 1000+ TCR/BCR項目經驗,一次實驗可同時獲取1000-10000個細胞的文庫構建,獲得轉錄組和免疫組數據。

2. 具備完善的免疫組庫測序和實驗質控流程,獲取VDJ全長序列的配對信息。

3. 豐富的免疫組庫測序和數據分析經驗,實現專屬個性化數據分析服務,搭配單細胞分析云平臺,一鍵導出交互性的動態結果報告。

4、免疫組庫測序經驗豐富,助力發表高分SCI文獻:


樣本要求

樣本類型:

組織、血液、培養的細胞系、制備好的單細胞懸液

注:若客戶樣本為組織,且無能力進行組織解離來獲取單細胞懸液,烈冰將盡可能提供技術及實驗上的幫助,但因不同類型樣本的特異性,無法保證實驗方法適用于所有類型組織。


質量要求:

1. 細胞活性大于70%;

2. 濃度為500-2000細胞/μl;

3. 體積不小于200μl;

4. 細胞培養基及緩沖液不能含Ca2+Mg2+;

5. 細胞體積小于40μm。

實驗流程

數據分析流程

結果示例

1、CellRangerV(D)J
由于實驗過程中通過富集V(D)J區域并打斷測序,所以需要對測序獲得的序列進行拼接,獲得從V基因起始到J基因末尾的完整序列,以此分析每個T細胞TCR可變區的組合情況,CDR3序列以及樣本內部clonotype的組成情況。

2、免疫組庫序列組成分析
根據每個樣本的分析結果,對免疫組庫序列的組成信息進行統計描述,包括V(D)J基因的使用頻率、組合頻率、CDR3序列長度分布,以及細胞的clonotype數量、size大小和增殖情況等。

VDJ基因的使用頻率:上圖主要展示了TCR序列中V基因的使用情況

3、免疫組庫序列組成分析

注:橫坐標為V基因,縱坐標為J基因

V-J基因組合頻率:下圖主要展示了TCR序列中V-J基因組合情況。

4、免疫組庫序列組成分析

注:橫坐標為CDR3長度分布,縱坐標為細胞占比

CDR3序列長度:上圖主要展示了CDR3序列的長度分布,以及使用頻率最高的12TRAV基因對應的CDR3長度信息。

5、免疫組庫序列組成分析

注:橫坐標為clonotype編號,縱坐標為細胞占比

 克隆頻率統計:該圖主要展示了TOP50 clonotype對應的細胞占比。


6、免疫組庫序列組成分析

注:Unique或數字: 每個clonotype對應的細胞數(size)


 克隆增殖統計:下圖主要展示了不同size對應的clonotype的占比情況

7、細胞間Clonotype分析
結合對應的單細胞轉錄組數據,通過不同cluster/cell type間,clonotype是否存在overlap,來判斷這兩個cluster/cell type間是否會存在狀態的演變。

注:右圖中,XY軸均為cluster編號,括號內為該cluster中檢測到TCR序列的細胞數

8、樣本間Clonotype分析
對不同樣本TCR/BCR的結果比較分析,獲得overlap的clonotype信息。例如從同一生物個體采集到的不同樣本,同一實驗分組的不同樣本等,來獲取T細胞在組織間潛在的延續性和相同處理下產生的一致性應答。

注:橫向縱向均為樣本名稱,括號內為該樣本中檢測到的clonotype數,色塊內為overlap的clonotype數。

9、Clonotype分布分析
結合5’端單細胞轉錄組結果進行聯合分析,可以根據克隆型信息沖減細胞亞群,進而定義亞群功能。

文獻示例


[1] MHC class Ib–restricted CD8+ T cells possess strong tumoricidal activities. PNAS.2023 Aug; IF=11.1


[2] Prmt5 deficiency inhibits CD4+ T-cell Klf2/S1pr1 expression and ameliorates EAE disease. Journal of Neuroinflammation. 2023Aug; IF=9.3


[3] Systemic immune dysregulation in severe tuberculosis patients revealed by a single-cell transcriptome atlas. Journal of Infection. 2023Mar; IF=28.2


[4] Tumor-intrinsic YTHDF1 drives immune evasion and resistance to immune checkpoint inhibitors via promoting MHC-I degradation. Nature Communications. 2023 Jan; IF=16.6


[5] Single-Cell Landscape Highlights Heterogenous Microenvironment, Novel Immune Reaction Patterns, Potential Biomarkers and Unique Therapeutic Strategies of Cervical Squamous Carcinoma, Human Papillomavirus_x005f Associated (HPVA) and Non-HPVA Adenocarcinoma. Adv Sci. 2023 Jan; IF=15.1


[6] Influenza vaccination features revealed by a single-cell transcriptome atlas. Journal of Medical Virology. 2022 Sep; IF=12.1






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