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產品簡介

單細胞核測序技術是在單細胞水平上發展起來的技術,該技術可將凍存樣本直接制核捕獲,且依舊保存單細胞測序的高分辨率,能夠準確區分細胞異質性,揭示單個細胞的基因結構和基因表達狀態。因其對樣本包容性高,核測序的出現解決了某些珍貴凍存樣本,異形細胞樣本無法進行單細胞實驗的問題,在心肺疾病,神經發育等領域助力臨床治療和診斷,加速精準醫療時代。

我們的優勢

1、突破性改進制核手段:跳過樣本消化步驟,直接凍存組織進行制核。這種方法可以大大節省時間和資源,并且提高制核效率,細胞核捕獲率高達65%-80%
2. 消除細胞解離偏差:消除由于消化偏好性造成的細胞解離偏差,保證制核質量遠高于上機捕獲要求,可以為后續的分析提供更準確的結果
3. 嚴格質量把控:烈冰全程進行嚴格的質量把控,從實驗設計到分析產出提供一站式服務流程,確??蛻臬@得高質量的數據和分析結果,并提供全面的支持和解決方案。

4. 核測序經驗豐富,助力發表高分SCI文獻

(圖片來源:Jing Wu?et al., Nature Neuroscience,2023)




樣本要求

樣本類型:

1.凍存組織、培養的細胞系等,一般取黃豆粒大??;

2.-80℃冰箱保存,送樣時干冰運輸

實驗流程

客戶樣本--細胞核制備--核質控檢測--單細胞核捕獲--細胞/轉錄本標簽添加--文庫構建--上機測序

數據分析流程

結果示例

1、細胞亞群分析
基于每個細胞核中的基因表達量數據,采用聚類算法對細胞進行亞群分析,同時采用 t-SNE /Umap分析對細胞的分群結果進行可視化展示。

Zhang, et al. Science Bulletin, 2020 Dec.

注:圖為獼猴腦組織細胞亞群鑒定t-SNE圖展示

2、Marker基因鑒定
鑒定不同細胞亞群中的Marker基因,并對Marker基因的表達分布進行可視化展示。

Zhang, et al. Science Bulletin, 2020 Dec.

注:Marker基因的Violin圖(左)和bubble plot圖(右)

3、差異基因篩選
針對所有或者特定細胞亞群,進行細胞亞群間差異表達基因篩選,獲得細胞亞群間差異表達基因。

Zhang, et al. Science Bulletin, 2020 Dec.

注:該圖為不同細胞亞群間差異基因聚類分析圖(Heatmap)

4、功能分析(GO Analysis)和信號通路分析(Pathway Analysis)
對Marker基因/差異基因進行功能分析和信號通路分析,從而得到這些基因群體所顯著性富集的GO條目和Pathway條目。

Zhang, et al. Science Bulletin, 2020 Dec.

5、Pesudotime分析
以細胞的表達量數據為研究對象,采用TSCAN/monocle/SLICER/Ouija等算法,在虛擬時間軸上對細胞的變化模式進行分析,模擬重建細胞的動態變化過程,獲得細胞間的狀態轉換關系,以及不同狀態細胞間差異基因的表達情況。

Zhang, et al. Science Bulletin, 2020 Dec.

Zhang C, et al. J Immunother Cancer, 2021;9:e002312.

注:細胞間狀態轉換的pesudotime軌跡圖(左)和Heatmap圖(右)

文獻示例

烈冰助力文獻:

[1] Single-nucleus transcriptomic mapping of blast-induced traumatic brain injury in mice hippocampus,Scientific Data,2023,IF=9.8


[2] Integrating spatial and single-nucleus transcriptomic data elucidates microglial-specific responses in female cynomolgus macaques with depressive-like behaviors,Nature Neuroscience,2023, IF=25


[3] Targeting gut microbiotaderived kynurenine to predict and protect the remodeling of the pressure_overloaded young heart,Science Advances,2023,IF=13.6


[4] Silencing of NOTCH3 Signaling in Meniscus Smooth Muscle Cells Inhibits Fibrosis and Exacerbates Degeneration in a HEYL-Dependent Manner, Advanced Science, 2023,IF=15.1


[5] The molecular taxonomy of primate amygdala via single-nucleus RNA-sequencing analysis,Science Bulletin,202012, IF=18.9


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